ERF ha analizado el impacto sobre el cambio climático y ambiental asociado a las rutas interinsulares, y ha propuesto medidas para reducirlo, haciendo especial énfasis en el trayecto entre Ibiza y Formentera por su importancia en cuanto a frecuencias y número de personas usuarias . Además, la ruta atraviesa el ámbito marino protegido de Els Freus, en el Parque Natural de Ses Salines de Ibiza y Formentera, donde se extiende una comunidad de más de 8 km de longitud de posidonia oceánica de gran importancia ecológica.
